اکسیژن
اکسیژن مهمترین عامل در پرورش ماهی قزل‌آلا است. اکسیژن محلول همراه با درجه حرارت، سوخت و ساز ماهی و بي‌‌مهرگان را تنظیم میکند. این دو متغیر محیطی دو عامل تعیین کننده برای خطرات زیست محیطی هر گونه ماهی هستند. هرچند هوا محتوی 21 درصد گاز اکسیژن است، ولی به علت کمی حلالیت اکسیژن در آب، مقدار اکسیژن برای تنفس ماهی‌‌ها زیاد نیست. ماهی برای تنفس انرژی بیشتری نسبت به سایر حیوانات هم اندازه خود مصرف میکند چون آب دارای چگالی بیشتری نسبت به هوا است. حلالیت اکسیژن در آب با افزایش درجه حرارت و شوری کاهش می‌یابد. میزان مصرف اکسیژن با درجه حرارت آب، غلظت اکسیژن در محیط، اندازه ماهی، میزان فعایت ماهی، زمان بعد از تغذیه و سایر عوامل تغییر میکند.
دی اکسید کربن و PH
تمام آبهای طبیعی دارای مقداری دی اکسید کربن هستند. آب خالص به طور نا محسوس هادی جریان الکتریکی است. در بیشتر موارد آب به عنوان یک ترکیب غیر یونیزه (غیر قابل تفکیک به یون‌‌های مثبت و منفی) شناخته شده است. PHآب خالص برابر با 7 یعنی محیط خنثی است. PH آبهای طبیعی که در پرورش ماهی استفاده می‌‌شود به دلایل مختلف ممکن است کمی اسیدی یا کمی قلیایی باشد. آبهای تقریبا قلیایی بیشتر از آبهای اسیدی برای پرورش ماهی مناسب می‌‌باشد. آبی که دامنه تغییرات PH آن از طلوع تا غروب آفتاب بین 5/6 تا 9 باشد سبب رشد بهینه و سریع ماهی می‌‌شود. اگرچه Co2 بسیار محلول در آب می‌‌باشد ولی در اتمسفر جزء کوچکی بحساب می‌‌آید. کمتر از 1% دی اکسید کربن در آب به شکل اسید کربنیک می‌‌باشد و این اجزاء به سختی از هم تفکیک می‌‌شوند.
قلیائی و سختی
مقدار باز موجود در آب تحت عنوان قلیائیت کل شناخته می‌‌شود. بازهایی که اغلب دراستخرهای پرورش ماهی یافت می‌‌گردند شامل کربناتها، بي‌‌کربناتها، هیدرواکسیدها، فسفات، و بوراتها می‌‌باشند.
قلیائیت کل بر حسب میلی گرم در لیتر یا قیمت در میلیون کربنات کلسیم بیان می‌‌گردد. در استخرهای حاصل‌خیز پرورش ماهی، قلیائیت کل معادل لیتر/میلی گرم 20 یا بیشتر مورد نیاز است. دامنه مطلوب قلیائیت کل برای پرورش ماهی بین 75 تا 200 میلیگرم /لیتر کربنات کلسیم می‌‌باشد.
نور
نور با تابش غیر مستقیم برای رشد ماهی قزل‌آلا مفید و موثر است. ماهی قزل‌آلا در محیط پرورش اگر بیش از حد در معرض نور مستقیم خورشید قرار گیرد، می‌تواند به سبب خسارت ناشی از آفتاب سوختگی برای این آبزی تلفاتی را در پی داشته باشد به همین دلیل نصب سای بان در نقاطی از استخرها جلوگیری از آفتاب سوختگی ضروری است.
کدورت آب
چنانچه در مباحث قبلی بیان شد آب برای پرورش قزل‌آلا باید شفاف باشد و چنانچه آب کدر باشد به دلیل تاثیر در کاهش اکسیژن مورد نیاز سوخت و ساز بدن ماهی قادر به گرفتن غذا نیست.
میزان املاح آب
در پرورش آبزیان، آب‌هایی که نسبتا کمی سختی دارند و املاح بیشتری داشته باشند ارجحیت دارند.
دی اکسید کربن
دی اکسید کربن یکی از اجزای آبهای طبیعی به شمار می‌‌رود. این گاز به وسیله انتشار از جو وارد آبهای سطحی می‌‌گردد و به وسیله تنفس ماهی و اکسید شدن زیست شناختی مواد آلی به وجود می‌‌آید. این گاز اکثرا به صورت بي‌‌کربنات در خون ماهی وجود دارد. دی اکسید کربن به مقدار زیاد در آب حل می‌‌شود اما این گاز به مقدار کمی در جو وجود دارد. بنابراین غلظت CO2 در آبهای خالص کم است. مناسبترین PH برای سیستمهای پرورش آبزیان عبارت است از PH آبی که در حالت تعادل با CO2 جو باشد.
بسیاری از گونه‌‌ها اگر مدت کوتاهی در معرض گاز CO2 با غلظت بالاتر قرار گیرند می‌توانند زنده بمانند ولی غلظت حداکثر 10-15 میلی گرم در لیتر برای ماهیان استخوانی توصیه شده است.
ترکیبات نیتروژنی
در سیستمهای پرورش آبزیان اگر تمام نیاز‌‌های اکسیژنی برآورده شود، دومین عامل محدود کننده جمع شدن ترکیبات نیتروژنی در آب می‌‌باشد. بزرگترین منبع تولید نیتروژن (تا حدود 90 درصد) در سیستمهای پرورش آبزیان، ناشی از غذای ماهی است که در مراحل سوخت و ساز معمولی غذای ماهی تولید می‌‌شود. آمونیاک از فاسد شدن مواد آلی نیز به وجود می‌‌آید. بسیاری از ترکیبات نیتروژنی مانند اسیدهای آمینه در مواد آلی وجود دارند. آبی که از گاز نیتروژن اشباع باشد ممکن است سبب بیماری حباب گازی گردد.
